Pulau Nyamuk memiliki luas sekitar 125 hektar (atau 1,25 km²), dengan wilayah desa secara administratif sebesar 4,87 km².
Batas Wilayah
Secara administratif Desa Nyamuk termasuk dalam Kecamatan Karimunjawa, Kabupaten Jepara, Jawa Tengah. Adapun batas wilayah desa secara umum adalah:
Utara: Laut Jawa
Selatan: Desa Parang (Pulau Parang)
Barat: Selat antara Pulau Nyamuk–Kemujan
Timur: Perairan sekitarnya menuju Pulau Karimunjawa
Topografi & Kondisi Alam
Desa Nyamuk memiliki wilayah pesisir dengan dataran rendah, pantai berpasir, dan perairan laut yang jernih. Beberapa titik pesisir juga ditumbuhi mangrove yang membantu menjaga garis pantai dan ekosistem laut.
Penggunaan Lahan
Secara umum, komposisi penggunaan lahan di Pulau Nyamuk meliputi:
Permukiman – mayoritas pemukiman nelayan
Perairan/Perikanan – laut dan tambak sebagai mata pencaharian